Career

Since 2006 - today : Associate Professor URCA

2004 - 2006 : Post doctoral position Université Aix-Marseille III, Faculté des Sciences de Saint-Jérôme IMRN UMR INRA 1111 

2000 - 2003 : pHD Unité de Microbiologie INRA Clermont-ferrand –Theix

Education

2018 : HDR URCA ED ABIES « Dynamique de fonctionnements microbiens sous l’influence de paramètres environnementaux »

2000 - 2003 : pHD Thesis Ecologie Microbienne, Université Claude Bernard (UCB) Lyon I / Unité de Microbiologie-INRA Clermont-Fd Theix ;   pHD defense  « Le système d’adhésion de Ruminococcus albus : implication de pili de type IV et de deux glycosyl-hydrolases »

1999 - 2000 : Diplôme d’Etudes Approfondies  Ecologie Microbienne, Université Claude Bernard (UCB) Lyon I

1997 - 1999 : Licence et Maîtrise Biologie Cellulaire et Physiologie, UFR Médecine et Pharmacie Clermont-Ferrand

Skills

Microbiology of prokaryotes
Molecular Biology
Biochemistry and protein engineering
White biotechnology ( enzymes and microorganisms)
Omics (global : genomics, transcriptomics proteomics ; targeted)

Research interests

Microbial and enzymatic conversion of lignocelluloses and lignins

Teaching

Since  2006 : UFR Sciences Exactes et Naturelles  – URCA
>192h lectures, tutorials and practicals in microbiology, White biotechnology ; Licence and Master levels

Teaching unit responsabilities  SEN -URCA :
Master BAS M2 : « EB0901 Enzymes et Bioraffinerie » ; M1 PB0801 « Production de molécules Biosourcées »
Licence SVT L3 BVB Mbio517  «Microbiologie au service des Biotechnologies » ; BVB0503 « Techniques analytiques – enzymologie »  

Main publications

Czerwiec, Q ; Chabbert, B ; Crônier, D ; Kurek, B ; Rakotoarivonina, H Combined hemicellulolytic and phenoloxidase activities of Thermobacillus xylanilyticus enable growth on lignin-rich substrates and the release of phenolic molecules BIORESOURCE TECHNOLOGY 2024-397-130507, DOI

Fall, I ; Czerwiec, Q ; Abdellaoui, S ; Doumche, B; Ochs, M ; Remond, C ;Rakotoarivonina, H. A Thermostable bacterial catalase-peroxidase oxidizes phenolic compounds derived from lignins APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 2023-107-1-201-2017, DOI

Fall I, Doumèche B, Abdellaoui S, Rémond C, Rakotoarivonina H. Ochs M.Paper-based electrodes as a tool for detecting ligninolytic enzymatic activities. Bioelectrochemistry. 2024 Apr;156:108609. DOI

Bouchat, R ; Vélard, F ; Audonnet, S ; Rioult, D ; Delvigne, F ; Rémond, C ; Rakotoarivonina, H. Xylanase production by Thermobacillus xylanilyticus is impaired by population diversification but can be mitigated based on the management of cheating behavior MICROBIAL CELL FACTORIES 2022-21-1, DOI

Bouchat R, Delvigne F, Rémond C, Rakotoarivonina H. Control of phenotypic diversification based on serial cultivations on different carbon sources leads to improved bacterial xylanase production. Bioprocess Biosyst Eng. 2022 Aug;45(8):1359-1370. DOI

Rakotoarivonina H, Loux V, Doliwa C, Martin V, Rémond C. Draft Genome Sequence of the Lignocellulolytic and Thermophilic Bacterium Thermobacillus xylanilyticus XE. Microbiol Resour Announc. 2022 Apr 21;11(4):e0093421. DOI

Dupoiron S., Lameloise M.-L., Bedu M., Lewandowski R., Fargues C., Allais F., Teixeira A. R. S., Rakotoarivonina H., Rémond C., Recovering ferulic acid from wheat bran enzymatic hydrolysate by a novel and non-thermal process associating weak anion-exchange and electrodialysis. Separation and Purification Technology 2018, 200, 75-83. DOI

Dupoiron, S ; Lameloise, ML ; Pommet, M ; Bennaceur, O ; Lewandowski, R ; Allais, F ; Teixeira, ARS ; Rémond, C ; Rakotoarivonina, H. A novel and integrative process: From enzymatic fractionation of wheat bran with a hemicellulasic cocktail to the recovery of ferulic acid by weak anion exchange resin INDUSTRIAL CROPS AND PRODUCTS 2017-105-148-155, DOI

Rakotoarivonina H., Revol, Aubry N., Rémond C. The use of thermostable bacterial hemicellulases improves the conversion of lignocellulosic biomass to valuable molecules. Applied Microbiology and Biotechnology 2016, 100, 7577–7590. DOI

Rakotoarivonina, H ; Hermant, B; ; Rabenoelina, F; Baillieul, F; Rémond, C Dynamic study of how the bacterial breakdown of plant cell walls allows the reconstitution of efficient hemicellulasic cocktails BIORESOURCE TECHNOLOGY 2014-170-331-341, DOI

PhD thesis supervisor

Issa Fall (2022) Caractérisation par méthode électrochimiques d’enzymes ligninolytiques, (FARE –ICBMS UCB Lyon)

Quentin Czerwiec (2020) Evaluation du potentiel ligninolytique bactérien pour la production de molécules aromatiques (FARE)

Romain Bouchat (2022) Optimisation de la culture d’une bactérie thermophile pour la production de xylanase et la valorisation des xylanes des biomasses lignocellulosiques,  (FARE –MIPI Agrobiotech Gembloux)

Stéphanie Dupoiron (2017) Déconstruction raisonnée par voie enzymatique des hétéroxylanes de la biomasse lignocellulosique et purification éco-compatible des différentesfractions fonctionnelles (FARE, URD ABI – UMR GENIAL AgroparisTech)